根据证据规则的规定，医疗侵权责任属于过错责任，医疗侵权纠纷实行举证责任例置，由医疗机构就医疗行为的关键事实即因果关系和过错部分进行举证。但证据规则所解决的只是举证责任分配的原则性规定，而对医疗机构举证的具体内容及含义则没有解决，尤其是对于因果关系和过错如何界定，在理论和实务仍存在争议。
1、关于因果关系一
王泽鉴先生认为侵权法上的因果关系包括两方面，即责任成立的因果关系和责任范围的因果关系，前者是指行为与权利受侵害之间的因果关系，后者是指权利受侵害与侵害后果之间的因果关系。由于损失数额属于原告的举证责任范畴，因此，最高法院证据规则关于医疗侵权举证中的因果关系属于责任成立的因果关系。责任成立的因果关系学说有两个，直接因果关系说和相当因果关系说，其主要区别在于前者强调行为与结果的直接联系，后者则看中行为与结果联系的适当性，其公式是：无此行为，不必然有此损害，但有此行为，通常会有此损害，为符合相当性;无此行为，必然无此损害，有此行为，通常也不会有此损害，为不符合相当性。实务中，《医疗事故处理条例》在对“医疗事故”的概念表述上，已不再坚持《医疗事故处理办法》中“直接”造成后果的表述，而是涵盖了适当条件导致人身伤害事故的为有因果关系。
医疗侵权行为引起的侵权诉讼，在实体上是属于民事侵权法的调整范畴，因此，医疗侵权行为中的因果关系也应遵循侵权行为法因果关系的一般理论，即与相当因果关系论相一致。
2、关于过错
过错在本质上是对加害行为的社会评价，是行为人在实施违法行为时所具备的心理状态，是构成民事责任的主观要件。过错按不同意志状态，可分为故意和过失。医疗侵权行为主要指在医疗过程中医疗行为存在过失，即存在违反高度注意义务(医疗卫生管理法律、行政法规、部门规章和诊疗护理规范、常规)的情形而导致的侵权发生。
对因果关系和医疗过失的认定，因涉及医学领域中的专门问题，法院一般要通过鉴定结论才能认定。这就意味着，医疗机构在应诉中，不但要提交相关病历资料和医学资料等证据，还要在举证责任期限内，主动向法院提起医疗事故技术鉴定申请。
医疗侵权纠纷中法院对医患双方举证的审查与判断：
1、目前在实务界，患者起诉医疗机构时，常常不能确定案由，笔者就遇到一个案子：患者在起诉时既要求医疗机构(被告)退还医疗费，又要求赔偿精神损失费而法院的传票又注明案由是医疗事故。因此，本案中存在三个案由，即医疗服务合同违约，医疗侵权赔偿、医疗事故侵权赔偿。而案由定性直接关系到双方当事人的举证责任分配问题，如果是合同违约，根本就不存在举证责任倒置问题。因此法官在方案审查时就应告知原告明确案由，否则应依据《民事诉讼法》第108条直接裁定驳回起诉。
2、对鉴定结论的审查
在目前的司法实践中，存在患者、医疗机构和法官对鉴定结果依赖性过强问题。患者往往以医疗事故鉴定的肯定性结论来支持自己的诉讼请求，而医疗机构则根据医疗事故鉴定的否定性结论来反驳患者的诉讼请求。而法官在医疗机构没有在举证责任期限内申请医疗事故鉴定，直接判决医疗机构举证不充分，承担举证不能责任。这恰恰反映了实务上对医疗事故鉴定报告的误解。
根据证规则，鉴定结论在民事诉讼中仅仅属于证据而已，不具有最终的决断效力。作为证据，其是否被采纳，完全取决于法官的认定。因此单纯以医疗事故鉴定报告作为主张权利或推卸责任的依据，对当事人来说可能是危险的。最高人民法院李国光副院长在2000年全国民事审判工作会议上，就医疗纠纷赔偿问题，提出了指导意见，规定了医疗事故鉴定结论只能作为法院审查、认定事实的证据，是否应作为医疗单位承担赔偿的依据，应当经过法庭质证④。因此人民法院在审查医疗事故鉴定报告时，应当把着眼点放在证据规则规定的医疗机构的举证责任上，看该报告能否确定因果关系和过错，而不是看该报告的结论是否构成 医疗事故。
3、专家证人出庭质证
证据规则第61条规定：当事人可以向人民法院申请由1-2名具有专门知识的人员出庭就案件的专门性问题进行说明。审判人员和当事人可以对出庭的具有专门知识的人员进行询问。经人民法院准许，可以由当事人各自申请的具有专门知识的人员就案件中的问题进行对质。具有专门知识的人员可以对鉴定人员进行询问。这就意味着专家证人出庭直接辩论或挑战鉴定结论，医学会的鉴定结论并不必然就是法庭采纳的证据。但司法实践中，医学会的鉴定结论对外是个集体性的结论，参与鉴定的专家不签名，也不参加法庭的质证。因此，法院应尽快完善鉴定机构鉴定人出庭作证制度，由申请出庭的专家证人对鉴定人询问，对鉴定意见和结论提出具有抗辩力的质疑，这有助于法庭对鉴定意见和结论理性判断，确保鉴定公正。
4、关于医疗机构擅自涂改、修改病历的问题
在医疗侵权纠纷法院诉讼中，占相当大比例的患方均会对医疗机构病历修改提出质疑。病历作为民事诉讼中医疗过程的载体，主要由医务人员完成并且由其控制和掌握。笔者认为，病历的修改是允许的，但应严格依据《医疗机构病历管理规定》和各地方有关病历书写规范的要求。对于涉嫌案件关键敏感性问的擅自涂改、修改、换页等，人民法院应认定医疗机构改变了病历本身作为记录病人病情变化的真实性与客观性，使案件事实无法认定，直接判医疗机构举证不能。
综上所述，证据作为民事诉讼的脊梁，在医疗侵权纠纷诉讼中尤为重要，因此，医疗侵权的双方当事人应积极充分举证，方可在诉讼中占主动地位。